A Estônia possui mais de 2.300 lagos com área superior a um hectare. Juntos, eles cobrem mais de 2.100 km2, ou aproximadamente 4,8% do território da Estônia. A maior parte da área total dos lagos é composta pelo Lago Peipsi, pelo Lago Võrtsjärv e pelo Reservatório de Narva. Os lagos pequenos, por outro lado, somam apenas 176 km2, ou 8,5%. A maioria dos lagos naturais da Estônia é de origem glacial.
Maiores lagos da Estônia
| Nome | Área (ha) |
| Lago Peipsi-Pskov | 354307.0 |
| Lago Võrtsjärv | 26919.1 |
| Reservatório de Narva | 10587.9 |
| Lago Ülemiste | 944.4 |
| Lago Saadjärv | 723.5 |
| Grande Baía | 539.5 |
| Lago Vagula | 603.3 |
| Lago Veisjärv | 480.7 |
| Lago Ermistu | 449.5 |
| Reservatório de Paunküla | 420.2 |
Lagos mais profundos da Estônia
| Nome | Profundidade (m) | Área (ha) |
| Lago Rõuge Suurjärv | 38 | 13.5 |
| Lago Väike-Palkna | 31.9 | 4.5 |
| Lago Udsu | 30.2 | 6.2 |
| Lago Tsolgo Mustjärv | 29.7 | 6 |
| Lago Uhtjärv | 27.6 | 43.5 |
| Lago Keema Suurjärv | 27.5 | 3.9 |
| Lago Koorküla Valgjärv | 26.8 | 44.1 |
| Lago Pindi Kärnjärv | 26 | 8.3 |
| Lago Jõksi | 25.4 | 64.9 |
| Lago Piigandi | 25.3 | 43.4 |
| Lago Saadjärv | 25 | 710 |
| Lago Vellavere Külajärv | 25 | 3.6 |
| Lago Petajärv | 25 | 3.6 |